Perteneció a la Comunidad de aldeas de Daroca, en la sesma de Río de Jiloca. Su historia estará ligada desde entonces a la Comunidad. Varios municipios de las actuales provincias de Teruel y Zaragoza dependieron de la villa de Daroca desde 1120, pero en 1248 el rey Jaime I, creó la Comunidad de aldeas de Daroca, excluyéndose ésta de la comunidad. Las aldeas pasaban a ser administradas de forma autónoma por ellas mismas, aunque judicialmente dependieran de Daroca. Para organizarse se estableció una nueva organización, las sesmas, que eran una entidad administrativa intermedia entre la comunidad y la aldea.
En cuanto a administración, Villar del Salz ha formado parte, de forma sucesiva, Aldea de la comunidad de aldeas de Daroca: sesma de Río de Jiloca, a la sobrecullida de Teruel (1446), a la sobrecullida de Daroca (1488-1495), a la vereda de Daroca (1646) y al corregimiento de Daroca (1711-1833). Se constituye como Ayuntamiento en 1834 y forma parte del partido judicial de Albarracín, para incorporarse en 1965 al partido judicial de Teruel.